Sporządzenie nowego pliku JPK, obowiązującego od 1 października, przysporzyło podatnikom wiele problemów. Nowym obowiązkiem jest m.in. oznaczanie sprzedaży towarów i świadczenie usług kodami GTU. W celu zastosowania prawidłowego oznaczenia, księgowy musi dokładnie wiedzieć, co firma sprzedaje. Ogólny opis na fakturze już nie wystarczy, np. „usługi informatyczne”. Co do zasady, usługi te nie podlegają bowiem żadnemu oznaczeniu GTU, jednak, jeśli zakres tych usług obejmuje usługi związane z doradztwem w zakresie sprzętu komputerowego albo usługi związane z doradztwem w zakresie oprogramowania komputerowego, to wówczas do takiej usługi należy zastosować kod GTU_12. Podobne problemy stwarza kod GTU_07, który obejmuje dostawę pojazdów oraz części o wybranych kodach CN. Trzeba dokładnie weryfikować jakim kodem CN jest objęta każda ze sprzedawanych części, bowiem nie każda część samochodowa podlega temu oznaczeniu.
Problematyczne jest również oznaczanie kodem „TP” transakcji z podmiotami powiązanymi. Księgowy musi posiadać wiedzę o powiązaniach kapitałowych i osobowych, a ocena powiązań ma się odbywać każdorazowo na moment dostawy towarów lub wykonania usługi, względnie otrzymania zaliczki bądź przedpłaty w przypadku tzw. faktur zaliczkowych. Dodatkowo każdą fakturę o wartości powyżej 15 tysięcy złotych brutto należy zweryfikować, czy dotyczy dostawy towarów lub usług, które są wymienione w załączniku nr 15 do ustawy o VAT. W nowym pliku JPK należy bowiem oznaczać kodem „MPP” transakcje objęte obowiązkowym mechanizmem podzielonej płatności, zarówno po stronie sprzedaży jak i zakupu. Jeśli na fakturze znajduje się adnotacja „mechanizm podzielonej płatności”, ale faktura ta nie jest objęta obowiązkowym MPP, to tego oznaczenia nie należy stosować. Natomiast w sytuacji gdy transakcja podlega obowiązkowemu MPP, a na fakturze brak jest takiej informacji, to nawet pomimo braku stosownego oznaczenia na fakturze, w JPK należy stosować do niej oznaczenie „MPP”.