Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że obowiązki związane z raportowaniem schematów podatkowych mogą być przedmiotem interpretacji indywidualnej. NSA wyrokiem z dnia 28 stycznia 2021 r. sygn. I FSK 1703/20 uchylił postanowienie Dyrektora KIS (który odmówił wydania interpretacji, twierdząc że raportowanie schematów to przepisy procesowe, natomiast przedmiotem interpretacji mogą być wyłącznie przepisy materialne) i wyrok WSA (który podzielił stanowisko Dyrektora KIS).
NSA uznał, że obowiązki prawno-podatkowe związane z obowiązkiem raportowania schematów podatkowych, objęte są zakresem postępowania interpretacyjnego na podstawie art. 14b i nast. Ordynacji podatkowej. Sąd wskazał, że przepisy dotyczące MDR to niejednorodny zbiór norm prawnych, wśród których można wskazać zarówno przepisy materialne, jak i procesowe. Natomiast w odniesieniu do obowiązku złożenia informacji o schemacie podatkowym, przepisy te należy uznać za regulacje materialnoprawne, podlegające interpretacji przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.
Sąd podkreślił, iż udzielenie interpretacji indywidualnej w zakresie MDR ma znaczenie, w aspekcie jej funkcji ochronnej, już tylko z perspektywy regulacji karno-skarbowych. Ochrona wnioskodawcy przejawia się tu w braku możliwości wymierzenia sankcji na gruncie prawa karnego skarbowego. NSA wskazał również, że niedopuszczalne jest ograniczanie zakresu uprawnień podatnika (do ochrony prawnej wynikającej z interpretacji) w sposób dorozumiany, bez wyraźnej w tym względzie wypowiedzi ustawodawcy, bądź też w drodze złożonych argumentów konstrukcyjnych i systemowych, jak to miało miejsce w zaskarżonym wyroku oraz poprzedzającym je postanowieniu.