Ministerstwo Finansów szykuje zmiany w opodatkowaniu wspólników spółek komandytowych jak i samych spółek komandytowych. Do tej pory podatek od dochodu z tej spółki płacili jedynie wspólnicy proporcjonalnie do swoich udziałów. Spółki komandytowe nie płaciły podatku dochodowego. W projektowanych zapisach planowane jest włączenie spółek komandytowych pod opodatkowanie podatkiem CIT (podatkiem dochodowym od osób prawnych). Zmienia to całkowicie sposób rozliczenia spółek i jej wspólników. Planowany termin wejścia w życie powyższych zmian jest 1 styczeń 2021 roku lub 1 maj 2021 roku. Wprowadzane zmiany spowodują, że wspólnicy zostaną objęci podwójnym opodatkowaniem. Rozliczanie ich z punktu widzenia podatku dochodowego zostanie zbliżone do rozliczania wspólników spółek z ograniczoną odpowiedzialnością. W pierwszej kolejności podatek zapłaci spółka komandytowa, natomiast w momencie wypłaty zysku wspólnik zapłaci podatek drugi raz. Jedyną różnicą jest fakt, że zgodnie z założeniami do ustawy komplementariusz odliczy podatek zapłacony przez spółkę od płaconej przez siebie daniny. Natomiast komandytariusz będzie miał kwotę wolną 60 tys. zł rocznie (czyli 5 tys. miesięczne).
Ministerstwo Finansów od początku uzasadnia, że chce w ten sposób uniemożliwić optymalizacje podatkowe z wykorzystaniem hybrydy spółki komandytowej i spółki z o.o. (jako komplementariusza). Takie połączenie pozwala na jednokrotne opodatkowanie dochodu z działalności gospodarczej przy jednoczesnym ograniczeniu odpowiedzialności za zobowiązania spółki komandytowej.
Na dzień 27.11.2020 roku prace nad ustawą nie zostały zakończone.